Problème de réception

Bonjour,
Nous avons fait construire une maison dans un périmètre d'un immeuble classé au titre des monuments historiques.
Le premier PC que nous avons déposé a été refuse parce qu'il ne respectait pas le règlement d'urbanisme et les prescriptions imposées par les bâtiments de france.
Le constructeur nous a fait signer un deuxième contrat en changeant de modèle de maison (plus petite et moins chère) et en rajoutant les modification imposées par les bâtiments de france ( encuvement de 0,60 m, chaînage d'angle harpés en pierre de taille, soubassement de 0,50 m de hauteur en pierre de taille, etc...) tout cela en restant au même prix de départ par rapport au premier contrat.
Seulement voila nous sommes au stade de la remise des clés et nous nous sommes rendu compte que le constructeur n' a pas fait le soubassement en pierre de taille alors que celui apparaît sur les plans d'exécution fournis à la mairie pour l'obtention du PC. Le conducteur des travaux nous dit que le soubassement n'a pas été fait parce qu'il n'a pas été chiffré dans le contrat alors qu'il est bien mentionné dans les plan d'exécution. IL nous a proposer de faire un avenant pour être en conformité ou faire une demande de modification de permis de construire et donc de retarder de cinq mois la remise des clés sans être sure que cela soit accordée ou alors de ne rien faire en espérant que les architectes ne soient pas trop strictes avec nous.
Je veux savoir qui doit prendre en charge le soubassement et ce que l'on dit faire.