Avantage et inconvénient des différentes poses

En applique :
les + : avec un précadre tu auras une bonne isolation et une fenetre qui sera alignée avec ton isolation côté intérieur (la grande majorité des construction neuves avec isolation intérieure à mon avis)
Les - : je dirais le coût car tu as le précadre en plus de la fenêtre (surtout avec une iso de 160 mm)

En feuillure :
Les + : le coté esthétique, on verra pas les dormants des fenetres de l'extérieur. Pas de précadre donc un peu moins cher.
Les - : je dirais peut etre un peu moins bien isolé. Tu aura un décroché entre la fenetre et ton isolation intérieur. Après c'est peut etre pas négatif, par exemple si tu mets un radiateur sous la fenetre il sera dans l'épaisseur du doublage et dépassera pas.

En tunnel :
Les + : je vois pas
Les - : mauvaise isolation (ponts thermiques)

Voila mon avis