Permis de construire modificatif

Bonjour,
Pour faire court, après 9 mois de galères, nous devrions enfin obtenir notre permis de construire. Cependant, ayant été mal accompagné et conseiller, nous avons du renoncer à notre projet initial pour obtenir le Pc. Ayant de nouveau contact aujourd'hui, nous voulons essayer de déposer un permis modificatif qui nous permettrait de revenir sur nos premier plan, le changement étant conséquent est ce qu'il peut tout de même faire l'objet d'une simple modification?

En effet nous étions partis sur une maison en toit terrasse végétalisé, l'ABF nous a donnė sont accord officiel par courrier, le maire ne s'oppose pas au projet, mais c'est la DDT qui bloc, nous avons donc mis des toits à la place des terrasses sur le permis qu'ils nous acceptent! Peut on présenter une modification de Pc sur exactement la même base de plan mais sans les toits? La taille de la maison ne change pas, ni son implantation. Ces changements peuvent ils faire l'objet d'une modification de permis?