Erreur de hauteur baie vitrée et question sur pont thermique

Bonjour,
j'ai deux baies vitrée dans mon salon, une isolation projetée de 8cm est prévue cette semaine puis une chape de 7cm.
La plus grande des deux baies vitrées est correctement posé, en revanche, je viens de me rendre compte que la seconde baie est 35mm plus basse (mesure prise par rapport du plafond et de la dalle)... 
En ajoutant l'isolation, la chape et le carrelage, je ne vois pas comment le constructeur pourra se débrouiller sans "tricher" sur les différentes épaisseurs. La porte ne s'ouvrirai plus à cause du montant centrale qui dépasse légèrement. Existe-t'il une solution pour rattraper le coup? 

De plus, au pieds de chaque ouverture (baies et porte d'entrée), il y a de gros bourrelets en ciment. Comment limiter le pont thermique dans ces conditions alors que l'isolant ne le recouvre même pas totalement? Pensez-vous que je puisse demander à mon constructeur de supprimer ces bourrelets et de traiter les ponts thermiques d'une manière ou d'une autre? (s'il y a lieu bien sur..)

Je vous remercie d'avance pour votre aide!