Terrasse garapa neuve noircie en une nuit

Bonjour, 
nous venons de faire poser une terrasse extérieur sur pilotis en structure métale, et en Garapa.

Avant de faire le traitement (avec du Rubio) on nous a conseillé de laisser le bois "s'ouvrir" un peu. 
Ce que nous avons fait depuis une dizaine de jours.

Malheureusement cette nuit nous avons eu de fortes pluie, et ce matin nous avons eu la mauvaise surprise de découvrir que notre terrasse avait complètement noirci par endroits (voir photos).

J'ai essayé de nettoyer tout d'abord à l'eau claire (en vain), puis avec une dilution de savon noir (en vain) et enfin avec le préparateur/shampoing de Rubio ... malheureusement sans aucun résultat.

Du coup je n'ose pas faire mon traitement de saturation pour ne pas "péréniser" ces traces noires.

Sauriez-vous déjà comment expliquer cette apparition soudaine (en une nuit) de ces traces ? 
Le garapa étant un bois exotique, je pensais qu'il faudrait plusieurs mois pour que des traces de ce type apparaissent.

Ensuite sauriez-vous me dire comment je peux faire disparaitre ces traces avant de faire mon traitement protécteur ?
J'aimerais éviter de poncer l'ensemble d'une terrasse neuve comme vous vous en doutez ...

Est-ce possible que ce soit un défaut du bois ? 

Merci de tout l'aider et conseils que vous pourriez m'apporter.